In praktische zin is Brain Blocks een doos met verschillende materialen, waaronder twee borden met een afbeelding van twee identieke hoofden, een vijftal sheets en diverse materialen waaronder ballen, blokken, bruggen, staafjes, cilinders en een filter. Brain Blocks is ontstaan met als doel psycho-educatie te geven over autisme door inzichtelijk te maken hoe het brein met en zonder autisme werkt. Inmiddels is duidelijk dat Brain Blocks veel breder in te zetten is dan alleen voor psycho-educatie. Brain Blocks is voornamelijk een therapeutische interventie met een grote communicatieve waarde voor belangrijke andere rondom de cliënt. Brain Blocks is ontwikkeld in de praktijk tijdens de behandeling van cliënten met een aan autismegerelateerde problematiek. Vanuit een basisidee is er een proces ontstaan van behouden wat werkt, vervormen wat niet werkt en het toevoegen van nieuwe ideeën en mogelijkheden.Brain Blocks kan meer gezien worden als een interventie dan een methode, aangezien Brain Blocks ingezet wordt als doelbewuste ingreep om een bepaalde situatie te verbeteren. De wens, het verlangen en de hulpvraag van de cliënt staan hierbij centraal. Daarbij is Brain Blocks op meerdere gebieden van toepassing en de wijze waarop Brain Blocks ingezet wordt, hangt sterk af van de cliënt en de context. Deze eigenschappen passen beter bij de definitie van een interventie. Een methode daarentegen is meer een vaste weldoordachte manier van handelen om een bepaald doel te bereiken. Hoewel Brain Blocks structuren en kaders kent die hiermee overeenkomen, heeft de werkwijze bij voorkeur meer weg van een context gebonden op maat ingezette ingreep.

Cursusdag I heeft als doel deelnemers met Brain Blocks te introduceren. In deze dag wordt stapsgewijs de werkwijze om Brain Blocks in te zetten als psycho-educatie over autisme uiteen gezet en heeft relatief veel kaders ten opzichte van de werkwijze in cursusdag II en III

In deel II wordt de aangeleerde structuur van deel I over het algemeen losgelaten. Bij deel II leren de deelnemers hoe ze de werkwijze afgestemd op de cliënt kunnen vormgeven.

Brain Blocks wordt in deze cursusdag voornamelijk als communicatiemiddel toegepast, afgestemd op de cliënt. Verschillende communicatiestappen, die houvast geven aan het creatieve proces, worden in deel II behandeld. De hulpverlener speelt ook in deze cursusdag een belangrijke rol. Er wordt om die reden gewerkt aan het onderzoeken van eigen overtuigingen en verwachtingen. 

In cursusdag III staat het therapeutisch werken met Brain Blocks centraal. Het gaat hierbij om het procesmatig therapeutisch begeleiden van cliënten. Belangrijke basisvoorwaarden en fundamentele vaardigheden zijn reeds in dag II aan bod geweest, waarna in dag III een verdieping aangeboden wordt. In het procesmatig werken vormt het bewustzijn van de eigen (innerlijke) beweging in relatie met de cliënt de basis. Het gaat om een bewustzijnsverruiming in houding, kennis, vaardigheden en ervaring van de begeleider, waarbij hij procesmatig meebeweegt met de cliënt. Naast het werken aan eigen vaardigheden wordt een fasebeschrijving van het therapeutisch proces geïntroduceerd om houvast te geven. In het tweede gedeelte van de cursusdag komt het thema ‘grenzen’ aan bod, waarbij we de werkwijze uitbreiden aan de hand van het lijf en ‘ik-ander’ visualisatie.