De academie is werkzaam op het gebied van de geneeskunde, de farmacie, de diergeneeskunde en de aanverwante wetenschappen. De Academie bevordert de wetenschapsbeoefening in het voormelde domein door werkzaamheden te verrichten of te doen verrichten, al dan niet in samenwerking met derden. Ze vormt een forum voor het wetenschappelijk debat en de uitwisseling van wetenschappelijke informatie (maandelijkse openbare vergaderingen, themavergaderingen, wetenschappelijke congressen). Ze publiceert uitkomsten van wetenschappelijke onderzoekingen. De Academie bestuurt en beheert de organen, instellingen, stichtingen en fondsen die aan haar zijn toevertrouwd, of waarover het beheer of medebeheer aan haar is opgedragen.
Ze voert programma’s en projecten uit op verzoek van de Vlaamse of federale overheid.
De Academie adviseert de Vlaamse en federale overheden, alsook, indien hiertoe aanleiding bestaat, publieke en private instellingen of verenigingen, en individuen, op verzoek of uit eigen beweging, over aangelegenheden op het gebied van de volksgezondheid, en op het gebied van de wetenschapsbeoefening, het onderwijs en de vorming, en de beroepspraktijk in het domein, bepaald in § 1, eerste lid. Daartoe stelt ze verslagen, studies en adviezen op en brengt die uit.
In het bijzonder bestaat de beleidsondersteunende opdracht van de Academie erin op basis van haar deskundigheid de Vlaamse minister, bevoegd voor het gezondheidsbeleid, te adviseren over de wetenschappelijke grondslagen van het beleid.